Fondiu kilęs iš Šveicarijos, kur prieš kelis šimtus metų žmonės ieškodami kaip panaudoti pasenusį sūrį ir kitus maisto likučius pradėjo juos dėti į dubenį ir maišyti šildydami. Pavadinimas kilo iš prancūzų kalbos veiksmažodžio fondre reiškiančio ‘tirpti’. Fondiu tapo klasikiniu valstiečių patiekalu kuris dabar paplitęs po visą pasaulį.
Tradicinis fondiu gaminamas fondiu dubenėlyje maišant fermentinį sūrį (Žementalį ar/ir Gruyère) su vynu ir kaitinant juos. Pridėjus vyšnių brendžio šioje masėje galima mirkyti seną duoną ir pluta.
Prancūzų gastronomas Brillat-Savarin paminėjo fondiu savo 19 amžiaus rašiniuose. Vis dėlto fondiu pasidarė populiarus tik 1952 kai Konrad’as Egli Niujorke pristatė fondiu kuriame mėsos gabaliukai buvo kepami įkaitintame aliejuje.
Šokolado fondiu populiarumas sekė 1964 metais.